小三通服務具免合同、免批文、時效快速等優點，ECFA簽訂後業者更因節稅考量，而轉型利用小三通特殊稅率與高時效性的服務。 貨物運送方式為台灣發貨至金門後,卸貨再轉船至廈門清關，再由內陸派送至收貨人指定地。

背景

自從中華人民共和國在1949年成立，中華民國政府遷台後，宣佈停止台灣地區對大陸的一切形式的通商、通航和通郵。期間兩岸居民被禁止往來長達近40年，中間亦發生數起兩岸間的劫機事件。

及後在1980年代中國大陸改革開放，首先引進香港的投資者到內地設廠生產，令中國大陸沿岸地區經濟「先富起來」。1987年台灣放寬居民以探親名義到中國大陸，兩岸民間的交流漸見繁忙。由於福建省和台灣只隔一水對望，地緣關係使部分台灣人到福建省探望被分隔多年的宗親。

構想

基於當時兩岸仍在意識形態上有重大的分歧，重現三通的機會極微，但實際上兩岸居間在福建沿海和金馬地區早已有經濟上的交往。1992年3月中國福建省提出「兩門對開，兩馬先行」的「小三通」構想。這是由於「兩門」（即大陸的廈門和台灣的金門）和「兩馬」（即大陸的馬尾港和台灣的馬祖）均只是相距咫尺的地方，在此進行小規模的「三通」是可以說是在當時的限制中，帶來有利於兩岸民間發展的辦法。初步的小三通構想，是在馬尾、廈門、湄洲灣興建供兩岸直航的專用碼頭，在廈門、金門兩島間舖設海底電纜，和准許到大陸的台灣人在福州、廈門兩機場辦落地簽注。

實施

1994年1月由中國大陸單方面實施《關於對台灣地區小額貿易的管理辦法》，指定福建、浙江、江蘇、上海、山東等東南沿海口岸，由台灣居民和大陸對台小額貿易公司進行「小額貿易」，「小額貿易」並不等於一般性的進出口業務。大陸當局將這種小額貿易定性為非官方的直接貿易和經濟交流。

1994年6月由金馬愛鄉聯盟提出《金馬與大陸小三通說帖》，表達希望能以「單向通航」、「定點直航」或「先海後空」、「現貨後客」等方式，漸漸進行小三通。

1997年4月19日，兩岸開始進行高雄與福州、廈門間的「不通關、不入境」的境外通航。及至2000年3月21日，中華民國立法院通過《離島建設條例》第18條，訂明「為促進離島（指澎金馬地區）發展，在台灣本島與大陸地區全面通航之前，得先行試辦金門、馬祖、澎湖地區與大陸地區通航」（俗稱小三通條款），條例於同年4月5日實施。

2000年12月13日，中華民國行政院根據《離島建設條例》通過《試辦金門馬祖與大陸地區通航實施辦法》，以作為小三通的管理依據。並於2001年1月1日開始實施，定點定時的貨客運通航。目前有「金門—廈門」、「馬祖—馬尾」、「金門—泉州」的小三通固定航班。

全面開放

2008年6月19日，擴大小三通方案19日正式公告實施，即日起，只要持有兩岸入出境有效證件，就可以從金門或馬祖進出中國大陸。陸委會主委賴幸媛說，擴大小三通是政府照顧金馬地區民眾的一項政策，緩和未來兩岸直航所帶來的影響。 擴大小三通方案下午正式公告後，在金門碼頭，一艘戴著200多名乘客的客輪隨即從金門出發，駛往對岸，成為擴大小三通實施後的第一個航班。

在擴大案實施後，金馬逐漸發展成為來往兩岸的一個轉運站。但大量非本地旅客利用金馬往來臺灣本島的航線，造成當地居民購票的困難。另外，由於離島居民購買機票有補助，也吸引臺灣居民遷戶口至金馬地區，導致金門實住人口僅約戶籍人口的一半。

影響

兩岸本來希望透過小三通作試點，令兩岸全面三通。可是全面大三通無法規避敏感政治問題、又有兩岸互搶利益的問題，使得小三通未能引發全面三通。而小三通初期的相關配套措施，也因太匆促而不夠完善，導致初期使用者對小三通怨聲載道。

另一方面，金馬處理小三通的最大能力也無法滿足台灣需求，也無法擴充至完全滿台灣需求；政府在假日包機前全面開放小三通，事實顯示金馬民眾權益受損。因為台灣過去對小三通使用者的身份規範，使得一些常穿梭在兩岸的台灣人，選擇將戶籍遷至金門或馬祖，因為原本處於人口外流的金馬地區開始變成人口成長區，其中金門的增加幅度尤其明顯。金門人口在2001年時有56215人，至2008年時已經超過8萬人。

而後小三通的確能夠加強福建和台灣之間的民間交流，可說是為日後的台商包機開設先例。從2001年開航以來，因為節省旅費旅程，逐漸成為台商往返兩岸的捷徑。2001年的旅客數只有2萬人次，目前成長到2005年的50萬人次。就算是2008 7/4之後有開放週末包機直航，小三通還是有相當的競爭力：為了避免把民航機當成軍機打下來、包機路線必須繞經日本或香港空域、因此包機直航並沒有節省太多時間及燃油，而且包機直航目前班次密度不足、物以稀為貴的現象造成直航無法節省金錢；相較於包機直航，小三通仍然可以節省時間金錢、而且提供密集班次。

另外，小三通對於金門馬祖的幫助最大的維持金馬到台灣本島的班機密度及參觀金馬的中國大陸觀光客，其他方面的經濟助益其實非常小，因為經由小三通往返兩岸者大多只是把金馬當成中繼站，並沒有在當地消費。小三通對台灣經濟也無正面影響，因為小三通無法讓台灣獲得經由台灣轉機至中國大陸的航運市場，也不是貨運直航（空運）的替代方案──這些都是對台灣有利的三通項目。